Phương pháp của phương thức sắp xếp không gian để cho trắc định RNA ribosome chủ yếu có phương pháp kính hiển vi điện tử và phương pháp liên kết chéo. Việc bố trí chức năng của nó, thông qua vài loại cách thức xác định trong đồ hoạ ribosome 70S, đã hiển thị vị trí kết hợp và phương hướng của phân tử RNA ribosome. Bên trong kính hiển vi điện tử, sự xếp đặt theo thứ tự của RNA ribosome 16S hiện ra hình chữ V, một cái cánh tay hơi dày và dài hơn một cái cánh tay còn lại. Kích thước và hình dạng của RNA ribosome 23S thật rất xứng đáng thích hợp với kiểu dáng cái "mũ vua" của á đơn vị ribosome 50S. Có kết luận cho biết là, RNA ribosome đã hình thành giàn khung của á đơn vị ribosome, rồi protein kết hợp với nó. Phổ thông mà nói, giàn khung RNA ribosome không phát sinh sự biến hoá lớn về hình trạng kết cấu. Nhờ miễn dịch mà phương pháp kính hiển vi điện tử đã xác định một ít đặc trưng nào đó của RNA ribosome ở bên trong á đơn vị. Sử dụng kháng thể Anti-N6, N6-dimethyladenosine[2] (xếp đặt ở vào vị trí 24 và 25 của đầu cuối cùng 3' của RNA ribosome 16S), rồi xác định một đoạn của vùng nuclêôbazơ sửa trị xếp đặt ở vào khoảng giữa đầu và thân của á đơn vị RNA ribosome 30S. 7-methylguanosine[3] của RNA ribosome 16S, vị trí thứ tự số 526, nằm ở chỗ giáp giới 1/3 về phía trên và 2/3 về phía dưới của RNA ribosome 30S. Liên kết chéo nội bộ của RNA ribosome 16S, 5S và 23S đã được nghiên cứu. Chứng minh được liên kết chéo G41 và G72 ở bên trong RNA ribosome 5S, loại liên kết chéo này thuộc phản ứng cấu trúc bậc ba, lợi dụng phản ứng ấy rồi kiến lập một bộ phận mô hình ba chiều phân tử RNA ribosome 5S cải tiến. Ngoài ra, việc nghiên cứu liên kết chéo RNA và protein cũng là phương pháp sắp xếp không gian phân tử RNA ribosome cực kì hữu dụng để cho trắc định bên trong á đơn vị.

Hiện nay thông thường cho biết là, chức năng cơ bản của ribosome chỉ nương nhờ đến RNA ribosome ở bên trong nó, protein ribosome đã mở đầu tác dụng tăng cường chức năng RNA ribosome. Ribosome được kiến lập sớm nhất do RNA ribosome, một ít protein tăng thêm vào ở phần trên của nó trong quá trình tiến hoá. Tất cả thật nghiệm in vivo đã chứng minh đường ribose dù thiếu hụt một ít protein nào đó nhưng vẫn có hoạt tính sinh vật; ngoài ra, loại đột biến gen RNA ribosome (hoặc ADN ribosome) và metyl hoá tất cả đều có thể dẫn đến chống cự lại chất kháng khuẩn (ví như Erythromycin và Chloramphenicol, v.v).